压缩机是激光冷水机的制冷核心。制冷设备将激光发生器工作时产生的热量，经过压缩机制冷系统的制冷循环，最终传导到空气中，以达到制冷的效果。通过温控器控件，实时显示制冷的温度，确定温度是否在激光器允许的运行范围内。如果温度过高，超出了激光器允许的范围，冷水机会发出报警声，温控器面板上水温和报警代码E2（水温超高）会交替显示。报警声可以暂停，但是报警显示需要等到报警条件解消除后才能停止。
激光冷水机，主要是通过水循环为激光器带走热量，那么水质是很重要的。为了保持循环水路的畅通，避免堵塞，循环水要采用纯净水或者蒸馏水。很多用户为了方便，采用的是自来水作为循环水，自来水中的杂质很多，容易导致管路堵塞，水流的大小直接影响制冷效果。水路中如有水垢形成，可以添加除垢剂，抑制水垢产生。
激光冷水机在实际使用当中的应用场景比较多，且对场景要求低，尤其是在一些较差环境当中也可以完成运转。如果环境杂质较多的话可能会导致冷水塔当中出现杂质从而引发冷却水循环回路堵塞等情况，从而影响到设备的正常运转，建议要经常清理冷水机的积尘。
